mqh Dateien werden beim compilieren statisch includiert.
Einen 100% Schutz gibt es nicht. Du kannst lediglich solche Spielchen machen, wie irgendwo Serverseitige Legitimierung o.ä. vorzunehmen. Alternativ kannst Du Dich auch bei mql5.com als Seller anmelden, dort den EA verkaufen, und bestimmen wie oft jemand den herunterladen darf. Näheres findest Du dort:
https://www.mql5.com/en/articles/385
Gern genommen ist auch immer wieder das auslagern und verschleiern in Form von DLLs o.ä.
Hoffe, da ist der ein oder andere Ansatz für Dich dabei, der Dir weiter hilft.